行政事業單位銀行存款常見的問題是多頭開戶、私設小金庫、資金閑置等。因此，除執行財政預算資金的審計程序外，應重點關注以下幾個方面:

(一)摸清現有銀行賬戶存款余額構成情況。檢查單位年末存款余額結余，關注有無截留應上繳財政而未上繳的資金情況行政事業單位的開戶情況。一般一個獨立核算的行政事業單位除有特殊規定外，原則上只能開立一個基本存款賬戶，檢查賬戶開設審批情況是否合規的問題。

專項資金存款戶收支情況。行政事業單位專項資金應執行專款專用、專賬核算原則。檢查銀行賬戶專項資金支付是否及時；還要進行銀行日記賬和銀行對賬單比對，是否存在將單位資金存為定期存款或進行委托理財等行為等情況。